Perkahwinan Sheikh Muhammad Tahir pada 21 Jamadilawal 1317 H. bersamaan 28 September 1899 M., dengan isterinya yang keenam bernama Aishah binti Haji Mustafa, anak seorang saudagar dari Kuala Kangsar, Perak kekal sehingga akhir hayatnya. Mereka dikurniakan dengan enam orang anak -- iaitu Rahmah, Muhammad, Ahmad, Azizah, Hamdan dan Hamid. Menerusi asuhan ibu yang berdidikasi, didikan Sheikh Tahir yang unik, kemudahan pendidikan bercorak baru dan bakat serta rezekinya sendiri, maka anak Sheikh Tahir yang kelima, Tun Hamdan Sheikh Tahir terus meningkat dalam dunia pendidikan dan kerjayanya sehingga menjawat beberapa jawatan tinggi dan kini mendapat gelaran Tun serta menjadi Tuan Yang Terutama Yang dipertua Negeri Pulau Pinang.

Sebagai ulamak dan pejuang agama, Sheikh Muhammad Tahir Jalaluddin telah menjelajah ke banyak tempat di alam Melayu-Nusantara termasuk Tanah Melayu, Sumatra, Singapura dan Kepulauan Riau. Semasa di Sumatra (1348 H./1927 M.) beliau pernah dipenjarakan oleh penjajah Belanda atas suatu tuduhan palsu, tetapi akhirnya telah dibebaskan selepas ditahan selama enam bulan. Beliau mempunyai semangat anti penjajah yang kuat, di samping mempunyai pendirian yang tegas dan keras dalam hal-hal keagamaan. Inilah di antara aspek peribadinya yang menyebabkan Sheikh Tahir tidak dapat menetap lama di sesuatu tempat, di samping adanya pergeseran dengan golongan ulamak 'Kaum Tua'.

Beliau menjadi Hakim Besar Mahkamah Syariah di Taiping, kemudiannya terlantik sebagai Mufti Negeri Perak Darul Ridzuan selama 3 tahun, dalam zaman pemerintahan Sultan Idris. Walau bagaimanapun, fatwa-fatwa Sheikh Tahir tidak diterima oleh ulamak golongan 'Kaum Tua'. Beliau berkhidmat dengan negeri Johor Darul Takzim pada tahun 1335 H. (1914 M.), sebagai Pendidik dan Nazir sekolah-sekolah agama Johor selama 4 tahun; dan sekali lagi selama 3 tahun (1346-49 H./ 1925-28 M.). Dalam lingkungan masa yang sama, beliau sempat berkhidmat sebagai mudir (guru besar) Madrasah Haji Muhammad Taib, di Parit Jamil, Muar -- iaitu sebuah sekolah menengah agama yang memberi pengajaran-pembelajaran Islam yang menyeluruh sambil menekankan bahawa Bahasa Melayu, Bahasa Arab dan Bahasa Inggeris hendaklah dipelajari untuk menambahkan ilmu pengetahuan. Dalam dunia pendidikan Sheikh Tahir sentiasa mempunyai pemikiran dan pandangan yang jauh ke hadapan daripada pemikiran semasa dalam zamannya. Sheikh Tahir pernah bermastautin di Singapura untuk memberi sumbangan penulisan dan penerbitan majalah Al-Imam. Beliau berkhidmat di Madrasah Al-Masyhoor Pulau Pinang sebagai Pendidik dan Pengetua selama 3 tahun (1341-44 H./ 1920-23 M.), kemudian pulang ke Kuala Kangsar.

Sheikh Tahir ke Makkah sekali lagi pada tahun 1349 H. (1928 M.), kemudiannya bersara di Kuala Kangsar, Perak mulai tahun 1350 (1929). Namun begitu, beliau terus aktif sehingga akhir hayatnya sebagai ulamak-penulis dan ahli Falak Syar'i yang menabur khidmat baktinya kepada ramai penuntut yang kemudiannya menjadi ulamak.